在第二部,故事发生在钢铁天使1的29年后,钢铁天使的主人死后把钢铁天使藏在佛像中...高中女学生那一天去神社的地窖放东西时无意中再次唤醒了沉睡中的钢铁天使久留美,此后钢铁天使久留美的两个姐妹都用不同的方式醒了过来,后来的故事姐妹们又由敌人变成了姐妹...
故事发生在50亿年后的地球,太阳变得异常巨大,人类苟延残喘。要塞国家“海利邬”曾侵占大半个世界,却因缺水而衰落,反遭侵略。海利邬的统治者掳走少年,训练成童军以保卫海利邬。主人公原本是日本的一位平凡少年,在黄昏时遇见烟囱上的少女,被卷入异世界中。