《异世界药局》故事描述，一名年轻的药学学者，因为过于热衷研究，导致他还壮志未酬就过劳死。而他张开眼睛之后，竟发现自己转世成了专为王公贵族诊疗的宫廷药师名门德‧麦第奇家之子――法马。然而，法马对这个充斥错误的疗法、调剂法，甚至还横行著称不上医疗行为的咒法和巫术的世界绝望至极。
 
他拥有前世所累积的现代药学知识，搭配上在异世界得到的作弊能力“物质创造＆物质消除”。法马运用这些知识和能力，面对妈妈的腰痛到女王的绝症等等……各种疑难杂症。接着，他与“认为应将真正有效的药品提供给每一个人”的奴婢少女珞缇、以及美女家教艾伦等人，开设了“异世界药局”。而法马订下的目标则是──